第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹...

凯尔·普拉特(茱迪·福斯特饰)的丈夫坠楼身亡，满心创痛的她只想尽快带着6岁的女儿赶回温暖的家，登上从柏林飞往纽约的飞机。然而飞机起飞后女儿不翼而飞。所有的证据都证明她的女儿没有登机，所有的人都怀疑凯尔的神经有问题，但是作为一个母亲，她深信不疑自己的女儿就在这架飞机上，并 且誓要把莫名失踪的女儿找回来。凯尔是飞机的设计者，对于飞机的每一个内部构造都了然于心，带领观众揭开飞机每一个构造的时候，也纷纷揭...